โทโมโยะอาฟเตอร์เป็นวิชวลโนเวลแนวรักใคร่ที่ผู้เล่นสวมบทบาทของโอคาซากิ โทโมยะ[1] รูปแบบการเล่มส่วนมากอยู่ที่การอ่านเรื่องเล่าและบทสนทนา โทโมโยะอาฟเตอร์ดำเนินในลักษณะเส้นโครงเรื่องแยกสายที่มีตอนจบหลายแบบ ขึ้นอยู่กับการตัดสินใจของผู้เล่นระหว่างเล่นเกม ซึ่งโครงเรื่องจะดำเนินตามทิศทางเฉพาะ

ตลอดการเล่น ผู้เล่นจะได้รับตัวเลือกที่หลากหลายให้เลือก การดำเนินข้อความจะหยุดลงเมื่อถึงจุดนี้ จนกว่าที่ผู้เล่นจะตัดสินใจเลือก[1] หากต้องการดูโครงเรื่องทั้งหมด ผู้เล่นจะต้องเล่นซ้ำหลายครั้งและเลือกตัวเลือกที่ต่างกันเพื่อให้โครงเรื่องดำเนินในทิศทางอื่น ในเกมฉบับผู้ใหญ่ มีฉากซีจีที่แสดงถึงการร่วมเพศของโทโมยะและโทโมโยะ ต่อมาคีย์ได้ออกจำหน่ายโทโมโยะอาฟเตอร์ในฉบับที่ไม่มีเนื้อหาเร้ากามารมณ์ นอกจากนี้ยังมีมินิเกมที่เรียกว่า "Dungeons & Takafumis" ซึ่งให้ผู้เล่นมีโอกาสได้เล่นเกมเล่นตามบทบาท (RPG)[1] โดยผู้เล่นจะสามารถเล่น "Dungeons & Takafumis" ได้เมื่อเล่นเกมจบสมบูรณ์แล้วหนึ่งรอบ